El antiguo Convento del Carmen fue fundado por Nuno Alvarez Pereira en tiempos medievales y destinado a albergar a las religiosas de la orden de las Carmelitas. Contruido entre 1389 y 1423 en estilo gótico, guarda alguna similitud con el Monasterio de Batalha, cuyo diseño data de la misma época. La Igreja do Carmo fue en sus tiempos la más imponente de Lisboa por su arquitectura y decoración.

Al igual que gran parte de la ciudad, el terremoto de 1755 destruyó buena parte del convento y casi toda la iglesia. El techo de la nave se desplomó sobre los fieles que estaban en misa, quedando solo los arcos ojivales desnudos que se ven hoy y se perdió totalmente la biblioteca del convento con más de 5000 volúmenes con los incendios que siguieron al terremoto.

El convento fue remodelado y eventualmente ocupado como cuartel militar, mientras que la iglesia nunca fue recuperada y en 1864 pasó a manos de la Asociación de Arqueólogos Portugueses, la cual decidió mantenerla así, como un recuerdo siempre presente de la crudeza del terremoto y las penurias de otros tiempos.

En lo que quedó en pie de la iglesia se instaló el pequeño Museo Arqueológico do Carmo, con piezas diversas provenientes de diferentes lugares: sarcófagos, estatuas, mosaicos y cerámicas. Organizado en cinco salas, se exhiben objetos de la eras paleolítica, neolítica, de bronce y de hierro, piezas que van de la época romana a la musulmana, escultura medieval y moderna, paneles de azulejos barrocos, un exótico conjunto de objetos procedentes de América del Sur y Central donados al museo por presidentes de la asociación, y por último, una sala en memoria del fundador del convento, Don Nuno alvarez Pereira.